Im Finale von Season 1 traf Martin auf Lucy, die Mutter der entführten Amelia. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach ihrer Tochter. Amelia, die die Fähigkeit besitzt, mit einer gewissen Sicherheit die Zukunft vorherzusehen, befindet sich in Gewahrsam von Calvin Norburg, der mittels technischer Verfahren versucht, die God Sequence (oder Amelia Sequence, wie sie schon in Staffel 1 genannt wurde) zu entschlüsseln. Ein Muster, das die ganze Welt erklären kann. Mit diesem endlosen Wissen möchte Calvin das Gehirn seines Bruders rekonstruieren, der seit einem durch ihn verursachten Unfall mit schweren Hirnschäden im Wachkoma liegt. Calvin Norburg arbeitet für Aster Corps, die mit der God Sequence allerdings mehr eigensinnige Interesse verfolgen wie die Kontrolle der Weltwirtschaft. Es kommt zum Verwürfnis, Calvins ehemaliger Partner Tony Rigby entführt Amelia und bringt dabei auch noch Calvins Mutter um, die Amelia betreut hat.
Mit der Hilfe eines befreundeten Journalisten und der telepathischen Verbindungen zwischen Jake und Amelia befreien Jake und Lucy schließlich Amelia aus einer abgelegenen Lagerhalle in der Wüste. Lucy und Amelia werden auf den Rückweg von Aster Corps abgefangen, Amelia kann entkommen, Lucy wird hingegen erschossen.
Martin, Jake und Amelia müssen sich weiterhin verstecken, da ein Serienkiller - Guillermo Ortiz - umgeht, der seine göttliche Mission verfolgt, die 36 "Righteous Ones" zu ermorden. Er scheitert schließlich an Jake und lässt vor seiner Selbsttötung noch den Begriff des "nest of 7" fallen, das er nicht finden konnte. Bei diesem "nest of 7" handelt es sich um ein Schlaflabor von Aster Corps, mit dem die skrupellose CEO Nicole Farington die Fähigkeiten von 7 Righteous Ones mittels lebensgefährlich starker Medikation nutzt, um den bevorstehenden Börsencrash ihres Unternehmens zu verhindern. Schließlich lässt sie auch noch Jake und Amelia entführen und auf ein Schiff verschleppen, wo sie die gesamte Amelia Sequence entschlüsselt (daran zu erkennen, dass sie sich beginnt zu wiederholen), was Amelia beinahe das Leben kostet. In letzter Sekunde räumt Martin natürlich ordentlich auf und schließlich werden alle verhaftet. Für Calvins Bruder kommt die Rettung zu spät, er stirbt im Krankenhaus.
Avram wird als eine Art Beobachter enthüllt, der niemals so aktiv in das Schicksal der 36 hätte eingreifen dürfen, wie er es getan hat. Daher wird er am Ende sogar entführt und von seinem Rabbiner streng zurechtgewiesen. Es wird gezeigt, dass der Rabbiner in einem alten Buch schon lange über die gesamte Amelia Sequence verfügt.
Martin erhält einen Talisman, der zuvor Ortiz gehörte und eigentlich dazu dient, seinen Träger als Beschützer der 36 auszuzeichnen.
Jake erzählt uns, dass er noch viel mehr zu erzählen hat, dann sehen wir in einem Polizei-Lagerhaus die alte Dechiffriermaschine, die Martin bei einem verstorbenen 36er entdeckt hatte, sich wie von Geisterhand in Bewegung zu setzen. Ende.
